Dans une grande casserole, faites fondre le beurre à feu moyen. Ajoutez les oignons tranchés et faites-les revenir jusqu'à ce qu'ils soient bien dorés et caramélisés.
Saupoudrez les oignons avec la farine et mélangez bien pour la faire cuire pendant 1 à 2 minutes.
Ajoutez le vin blanc pour déglacer, en grattant le fond pour libérer les sucs. Laissez mijoter quelques minutes pour réduire le vin.
Ajoutez l'eau bouillante dans la casserole, puis ajoutez les cubes de bouillon de légumes. Laissez mijoter pendant environ 15 à 20 minutes, jusqu'à ce que les oignons soient bien tendres.
Pendant que la soupe mijote, préchauffez le four en mode grill.
Disposez des tranches de pain sur une plaque à four et faites-les griller des deux côtés jusqu'à ce qu'elles soient croustillantes.
Lorsque la soupe est prête, répartissez-la dans des bols allant au four. Placez les tranches de pain grillées sur le dessus de chaque bol, puis saupoudrez généreusement de fromage comté râpé.
Placez les bols au four sous le gril pendant quelques minutes, jusqu'à ce que le fromage soit fondu et doré.
Servez la soupe à l'oignon bien chaude, avec le fromage gratiné sur le dessus des tranches de pain.